rna::denovo::minimize Namespace Reference

Functions
BooleanOptionKey const	minimize ("rna:denovo:minimize")
IntegerOptionKey const	minimize_rounds ("rna:denovo:minimize:minimize_rounds")
BooleanOptionKey const	skip_coord_constraints ("rna:denovo:minimize:skip_coord_constraints")
BooleanOptionKey const	skip_o2prime_trials ("rna:denovo:minimize:skip_o2prime_trials")
BooleanOptionKey const	deriv_check ("rna:denovo:minimize:deriv_check")
BooleanOptionKey const	minimizer_use_coordinate_constraints ("rna:denovo:minimize:minimizer_use_coordinate_constraints")
StringOptionKey const	min_type ("rna:denovo:minimize:min_type")
BooleanOptionKey const	minimize_bps ("rna:denovo:minimize:minimize_bps")
BooleanOptionKey const	minimize_all_protein ("rna:denovo:minimize:minimize_all_protein")
BooleanOptionKey const	minimize_protein_sc ("rna:denovo:minimize:minimize_protein_sc")
BooleanOptionKey const	protein_packing ("rna:denovo:minimize:protein_packing")
BooleanOptionKey const	protein_pack_all ("rna:denovo:minimize:protein_pack_all")
RealOptionKey const	protein_packing_distance ("rna:denovo:minimize:protein_packing_distance")
ResidueChainVectorOptionKey const	extra_minimize_res ("rna:denovo:minimize:extra_minimize_res")
ResidueChainVectorOptionKey const	extra_minimize_chi_res ("rna:denovo:minimize:extra_minimize_chi_res")
BooleanOptionKey const	minimize_use_nblist ("rna:denovo:minimize:minimize_use_nblist")
BooleanOptionKey const	minimize_nblist_auto_update ("rna:denovo:minimize:minimize_nblist_auto_update")
IntegerOptionKey const	minimize_max_iter ("rna:denovo:minimize:minimize_max_iter")

Function Documentation

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::deriv_check

(

"rna:denovo:minimize:deriv_check"

)

ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::minimize::extra_minimize_chi_res

(

"rna:denovo:minimize:extra_minimize_chi_res"

)

ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::minimize::extra_minimize_res

(

"rna:denovo:minimize:extra_minimize_res"

)

StringOptionKey const rna::denovo::minimize::min_type

(

"rna:denovo:minimize:min_type"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize

(

"rna:denovo:minimize"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_all_protein

(

"rna:denovo:minimize:minimize_all_protein"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_bps

(

"rna:denovo:minimize:minimize_bps"

)

IntegerOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_max_iter

(

"rna:denovo:minimize:minimize_max_iter"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_nblist_auto_update

(

"rna:denovo:minimize:minimize_nblist_auto_update"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_protein_sc

(

"rna:denovo:minimize:minimize_protein_sc"

)

IntegerOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_rounds

(

"rna:denovo:minimize:minimize_rounds"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_use_nblist

(

"rna:denovo:minimize:minimize_use_nblist"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimizer_use_coordinate_constraints

(

"rna:denovo:minimize:minimizer_use_coordinate_constraints"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::protein_pack_all

(

"rna:denovo:minimize:protein_pack_all"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::protein_packing

(

"rna:denovo:minimize:protein_packing"

)

RealOptionKey const rna::denovo::minimize::protein_packing_distance

(

"rna:denovo:minimize:protein_packing_distance"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::skip_coord_constraints

(

"rna:denovo:minimize:skip_coord_constraints"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::skip_o2prime_trials

(

"rna:denovo:minimize:skip_o2prime_trials"

)