大家好!
我想为新底物设计甲基转移酶。该酶依赖于小分子作为甲基供体 (SAH)。因此,我使用 -extra_res_fa 参数将 SAH 包含为应用的输入。CST 文件包含三个约束:约束 1 涉及底物和 HIS 残基,约束 2 涉及底物和 ARG 残基,约束 3 涉及底物和 SAH。而SAH位于PDB的最后一个块。
当我运行命令时:
match.linuxgccrelease @match.flags -s enz_relax/novo_relaxed.pdb
它似乎已经成功完成了部分运行。
Protocols.match.downstream.ClassicMatchAlgorithm:以 6158 次点击完成第 2 轮。
Protocols.match.downstream.ClassicMatchAlgorithm:删除了 465619 个第 1 轮命中,剩余 10013 个命中。
但是,我收到错误:
文件:src/protocols/match/upstream/ProteinUpstreamBuilder.cc:1210
[错误] UtilityExitException
错误:断言 `build_sets_[ build_set_id ].restype().has( "1HA" )` 失败。
这是标志文件:
- -extra_res_fa 基板参数/sah.params 基板参数/lin.params
- -match::lig_name LIN
- -in:ignore_unrecognized_res
- -load_PDB_components false
- -忽略零占用
- -ex1
- -ex2
- -match:geometric_constraint_file约束/linjiaji.cst
- -match:scaffold_active_site_residues novo.pos
PDB 文件类似于:
- ATOM 3500 CA ALA B 229 -13.566 53.813 64.331 1.00 0.00 C
- ...
- TER
- HETATM 3521 C5 SAH X 1 3.165 30.850 75.855 1.00 0.00 C
- ...
- TER
我的 Rosetta 版本是 2021.16.61629。
Attachment | Size |
---|---|
ROSETTA_CRASH.log | 4.08 KB |
constraint file | 1.64 KB |
PDB file of the enzyme and SAH | 318.54 KB |
Category:
Post Situation:
I skipped the match step and run the design application directly using an initial conformation with 'REMARK 666' blocks.