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Match Application Error: Assertion `build_sets_[ build_set_id ].restype().has( "1HA" )` failed

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Match Application Error: Assertion `build_sets_[ build_set_id ].restype().has( "1HA" )` failed
#1

大家好!

我想为新底物设计甲基转移酶。该酶依赖于小分子作为甲基供体 (SAH)。因此,我使用 -extra_res_fa 参数将 SAH 包含为应用的输入。CST 文件包含三个约束:约束 1 涉及底物和 HIS 残基,约束 2 涉及底物和 ARG 残基,约束 3 涉及底物和 SAH。而SAH位于PDB的最后一个块。

当我运行命令时: 

match.linuxgccrelease @match.flags -s enz_relax/novo_relaxed.pdb

它似乎已经成功完成了部分运行。

Protocols.match.downstream.ClassicMatchAlgorithm:以 6158 次点击完成第 2 轮。
Protocols.match.downstream.ClassicMatchAlgorithm:删除了 465619 个第 1 轮命中,剩余 10013 个命中。

但是,我收到错误:

    文件:src/protocols/match/upstream/ProteinUpstreamBuilder.cc:1210
    [错误] UtilityExitException
    错误:断言 `build_sets_[ build_set_id ].restype().has( "1HA" )` 失败。

 这是标志文件: 

  •    -extra_res_fa 基板参数/sah.params 基板参数/lin.params
  •    -match::lig_name LIN
  •    -in:ignore_unrecognized_res
  •    -load_PDB_components false
  •    -忽略零占用
  •    -ex1
  •    -ex2
  •    -match:geometric_constraint_file约束/linjiaji.cst
  •    -match:scaffold_active_site_residues novo.pos

PDB 文件类似于:

  • ATOM 3500 CA ALA B 229 -13.566 53.813 64.331 1.00 0.00 C
  • ...
  • TER
  • HETATM 3521 C5 SAH X 1 3.165 30.850 75.855 1.00 0.00 C
  • ...
  • TER

我的 Rosetta 版本是 2021.16.61629。

AttachmentSize
ROSETTA_CRASH.log4.08 KB
constraint file1.64 KB
PDB file of the enzyme and SAH318.54 KB
Category: 
Post Situation: 
Sun, 2024-03-24 07:26
Payne

I skipped the match step and run the design application directly using an initial conformation with 'REMARK 666' blocks. 

Fri, 2024-03-29 02:12
Payne